燃烧能源中心大部分博士研究生的学籍由能源与动力工程系管理，少部分由汽车工程系和航天航空学院分别管理。其中，属于能源与动力工程系的学生的培养遵循《清华大学博士学位研究生培养工作规定》以及该系关于博士生培养的补充规定（http://www.tsinghua.edu.cn/publish/te/2272/index.html）。除了博士资格考试由系里统一安排，剩下的各个培养环节包括年度考核、选题报告、中期考核、最终学术报告、博士论文答辩由中心统一安排。属于汽车工程系和航天航空学院的博士生的各种考核在所在院系完成。
